各スケルトンのアニメーションを同時に再生して、複数のスケルトンを含むシーンを作成できます。 ただし、スケルトンは常に完全に別のスケルトンの上または後ろにあります。 スケルトンをツリー内で上下にドラッグして、どちらが一番上にあるかを選択できます。 描画順序を混在させることができるのは1つのスケルトン内だけです。
You can play an animation for each skeleton at the same time to create a scene with multiple skeletons. However, a skeleton is always fully on top of or behind another skeleton. You can drag skeletons up/down in the tree to choose which is on top. You can only mix the draw order within a single skeleton.

2つ以上のスケルトンを1つに統合するのは簡単なことではありません。 ボーン、スロット、アタッチメントをあるスケルトンから別のスケルトンにドラッグすることはできますが、制約やスキンを再作成する必要があります。 アニメーションをスケルトンにまたがってドラッグすることはできませんが、一旦ボーン、スロット、アタッチメントなどの設定ができたら、 Import Project>Animationsを使って古いスケルトンから新しいスケルトンにアニメーションを持ってくることができます。
インポート - Spine ユーザーガイド
It is not an easy task to merge 2+ skeletons into one. You can drag bones, slots, and attachments from one skeleton to another, but you will need to recreate any constraints or skins. You cannot drag animations across skeletons but once you have the bones, slots, attachments, etc setup, you can bring animations from the old skeleton to the new one using Import Project > Animations:
Import - Spine User Guide

あるスケルトンを別のスケルトンに移動する必要があるのは、一般的なワークフローではありません。 通常は最初から1つのスケルトンを使います。 スケルトン結合機能を実装するための短期的な計画はないと思います。
It's not a common workflow to need to move one skeleton into another. Usually you would use a single skeleton from the start. I'm afraid we don't have short term plans to implement a skeleton combining feature.

横からすみません。
2体以上のキャラのアニメーションに関してはスパインでは対応していないということでしょうか。
アニメを作るなら殴り合いとかレイヤー単位での入れ替えが必要なシーンなんかいくらでもあると思いますが、それが実装できないと言うならLive2Dなり別ソフトのほうが良さそうですね。

Spineは同じプロジェクト内に複数のスケルトンを持つことができ、各スケルトンを別々にアニメートするか、それらすべてを一緒にアニメートするかを選択できます。複数のスケルトンが一緒にアニメーション化されているシーンを作成するために、各スケルトンには独自のアニメーションがあり、それらをすべて同時に再生します。 Spineは、さまざまなアニメーションをいつ再生するかを管理していないことに注意してください。一般に、ゲームやアプリケーションのコードによって（または漫画の場合は画像やビデオをエクスポートすることによって）行われます。
Spine can have multiple skeletons in the same project and you can choose to animate each skeleton separately or all of them together. To make a scene with multiple skeletons animating together, each skeleton has their own animation and you play them all at the same time. Note that Spine doesn't manage when to play the various animations, generally that is done by the game or application code (or for cartooning, by exporting images or video).

各Spineスケルトンは、他のスケルトンの上または他のスケルトンの下にレンダリングされます。 kenjizenkiさんは、あるスケルトンの背後にある部分と別のスケルトンの前にある部分をレンダリングする必要があります。たとえば、誰かが馬に乗るとします。片足が馬の後ろ、片足が馬の前にいます。 Spineでこれを行うにはいくつかの方法があります。
Each Spine skeleton is rendered either on top of other skeletons or below other skeletons. kenjizenki-san needs to render some pieces of a single skeleton behind and some in front of another skeleton. For example, consider someone riding a horse: one leg is behind the horse, one leg is in front of the horse. There are a few ways to do this in Spine:

1）1つのスケルトンを使用する：ライダーと馬を1つのスケルトンにまとめます。ここでは、ライダーと馬の描画順序を混在させることができます。これがケンジゼンキさんが求めていたことです。複数のスケルトンを1つにまとめる方法。
1) Use 1 skeleton: combine the rider and the horse into a single skeleton, where you can mix the draw order of the rider and horse. This is what kenjizenki-san was asking about: how to combine multiple skeletons into one.

2）3つのスケルトンを使用します。馬の前のライダー部分、馬、そして馬の後ろのライダー部分です。
2) Use 3 skeletons: the rider parts in front of the horse, the horse, and the rider parts behind the horse.

3）2つのスケルトンを使用しますが、ライダーを2回引きます：ライダーを馬の前に1回（スキンを使用して後ろ足のみを表示）、馬を引き、次にライダーを馬の前にもう一度引きます後ろ足を隠した。
3) Use 2 skeletons, but draw the rider twice: draw the rider once in front of the horse (using skins to only show the back leg), draw the horse, and then draw the rider again in front of the horse (with the back leg hidden).

Live2Dなどに関しては、確かに他のソフトウェアオプションがあり、それぞれ長所と短所があります。各ソフトウェアで同じアセットをリギングしてアニメーション化し、さらにエクスポートしたサンプルデータをアプリケーションでレンダリングすることを強くお勧めします。これを行うことが、アニメーションワークフローとランタイム統合の両方を理解するための唯一の方法です。
Regarding Live2D and others, there are certainly other software options and each has its strengths and weaknesses. I highly suggest rigging and animating the same assets in each software, and also to render sample exported data in your application. Doing that is the only way to get a feel for both the animation workflow and runtime integration.